学校创建于1956年，由上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）分迁来渝组建，原名重庆医学院，1985年更名为重庆医科大学。学校是国务院学位委员会批准的首批具有博士和硕士学位授予权的单位，是教育部批准的首批来华留学示范基地。学校2015年成为重庆市人民政府、国家卫生健康委员会（原国家卫生计生委）和教育部共建高校，2016年成为“高等学校学科创新引智计划”（“111计划”）首批立项的地方高校之一。

学校由位于渝中区的袁家岗校区和位于重庆大学城的缙云校区组成，校园总面积2650亩，其中缙云校区占地2100亩。校园环境优美，风景如画。

学校现有全日制在校学生25671人，其中博士、硕士研究生6529人，本科生18587人，留学生555人。学校具有招收博士后研究人员，港澳台学生和外国留学生资格。学校现有7个一级学科博士学位授权点、12个一级学科硕士学位授权点，3个博士专业学位授权点、10个硕士专业学位授权点；4个国家重点学科，6个进入ESI全球前1%的学科（2021年1月，科睿唯安发布），4个重庆市一流学科，12个重庆市“十三五”市级重点学科。在教育部学位中心第四轮学科评估中，临床医学等学科排名全国前列。

学校设有21个学院（系），并设立研究生院，开设36个本科专业。现有国家级一流本科专业建设点13个，重庆市一流本科专业建设点18个。临床医学、口腔医学、护理学、中医学专业已通过教育部专业认证。现拥有1个国家临床教学培训示范中心，4个国家级实验教学示范中心，7门国家级一流课程，4门国家级精品资源共享课、3门国家级精品视频公开课。

学校大力实施人才强校战略，面向海外延揽高层次人才，成建制引进多个具有国际水平的人才团队，加强本土人才引导与培育，逐步构建起“近悦远来”的良好人才生态，形成推动内涵式发展的强劲动力。

现有专任教师3200余人，其中正、副教授2000余人，博士生导师371人，硕士生导师1699人。现有中国工程院院士（外聘）、海外高层次人才、长江、杰青等国家级人才逾50人，省部级各类人才470余人。现有7个国家级博士后科研流动站，在站博士后规模达到227人，人才塔基和师资蓄水池作用日益明显，人才队伍活力不断增强。

学校科技创新能力不断提升。“十三五”期间，学校累计新增科技部、国家自然科学基金委等各级部门及横向项目3200余项，资助经费 7.4亿元；牵头承担了重大传染病防治国家科技重大专项、国家重点研发计划等国家级重大任务，资助经费超过1.2亿元。发表SCI收录论文6198篇，年均增长率达10.24%。多项成果在《柳叶刀》《自然·医学》《新英格兰医学杂志》等国际顶级期刊发表。获得国家科技奖励、重庆市科技奖励40余项，2017年我校2项成果荣获国家科技进步二等奖，实现历史性突破。 学校独立研制的高强度聚焦超声肿瘤治疗系统（海扶刀）属世界首创，是我国第一台具有完全自主知识产权的大型医疗设备。学校成功研制出我国首个获批上市化学发光法新冠病毒抗体检测产品，现已获得欧盟CE等多项认证。科技成果转化成效显著，化学发光法新冠抗体检测试剂盒、肿瘤免疫治疗等科技成果高质量完成转化，转化金额达2300多万元。  

学校现有国家级、省部级研究平台60个。其中，国家重点实验室、国家工程研究中心、国家临床医学研究中心、国家生物产业基地实验动物中心、国家级国际科技合作基地等国家级平台5个；教育部重点实验室国际合作联合实验室、省部共建协同创新中心，以及国家卫健委重点实验室等国家部委级平台6个；省级重点实验室、工程（技术）研究中心、国际科技合作基地、临床医学研究中心、智库、科普基地等省级平台49个。另有，省级“海外高层次人才创新创业基地”和“院士专家工作站”。

学校积极开展国内外交流合作。与欧洲、亚洲、北美洲、大洋洲的23个国家和地区的53所教育或医疗卫生机构建立了合作关系，其中包括美国达特茅斯学院、加拿大不列颠哥伦比亚大学、英国伦敦大学学院等国际名校；与英国莱斯特大学中外合作办学项目已正式启动，是我国西部地区唯一获批的临床医学中外合作办学项目，也是全国4个临床医学本科中外合作办学项目之一；同时，与复旦大学、西南大学等“双一流”建设高校开展长学制医学生的联合培养。

学校现有直属附属医院9所（综合性医院5所，儿童医院、口腔医院、康复医院、中医院各1所）。附属第一医院、附属儿童医院、附属第二医院连续9年入选“中国最佳医院排行榜”百强（复旦大学医院管理研究所发布），2019年度分别排名第56位、第58位、第98位。各直属附属医院共拥有国家临床重点专科28个，编制床位14100余张，年门诊量近1200万人次，年收治住院病人40余万人次。此外，学校还有27所非直属附属医院和18所教学医院，分布在重庆、成都、西安、深圳等地。